Menu

Protein Sequence Prediction Evaluator 1.0



Published By: Kristian Kr?“A¦mmer Nielsen
License Type: Shareware
Date Added: 12 September, 2013
Homepage
Report Error Link


Category: Education / Science
Description of Protein Sequence Prediction Evaluator program at Mac Shareware:


Advertisement




Advertisement


Der findes mange metoder til at evaluere forudsigelser af proteiners sekund?“A¦re struktur, f.eks.

Protein Sequence Prediction EvaluatorKristian Kr?“A¦mmer Nielsen,Department of Mathematics and Computer ScienceProjekt-beskrivelseDer findes mange metoder til at evaluere forudsigelser af proteiners sekund?“A¦re struktur, f.eks. Q-score: Det procentvise antal aminosyrer, som blev forudsagt korrekt SOV (Segment OVerlap): Et tal, som beregnes ud fra en kompliceret formel i et fors?“N‘g p?“O? at m?“O?le, ikke blot hvor tit der er g?“A¦ttet rigtigt, men ogs?“O? hvor sammenh?“A¦ngende g?“A¦ttene er Matthews korrelations-koefficientDette projekt g?“O?r ud p?“O? at implementere en ny metode til at evaluere kvaliteten af forudsigelser af proteiners sekund?“A¦re struktur. Metoden kan ses om en udvidelse af begrebet "confusion matrix", som er en 3 x 3 matrice, hvor r?“A¦kkerne svarer til de tre struktur-elementer ?zA±-helix (H); ?z?†-strand (E), coil (C) i den virkelig struktur, og s?“N‘jlerne svarer til H, E, C i den forudsagte struktur. Hvert felt i matricen deles op i fem underfelter: "udvidelse", "forkortelse", "bro", "hul" og "andet". I eksemplet nedenfor vil position 5 f.eks. svare til "udvidelse" i feltet (virkelig: C, forudsagt: H), og position 12-13 svarer til "bro" i feltet (virkelig: C, forudsagt: E). forudsagt: HHHHHCCEEEEEEEEE virkelig: HHHHCCEEEEECCEEE 1234567890123456Metoden kan implementeres vha. en tilstandsmaskine, som l?“A¦ser forudsagt og virkelig struktur samtidigt. Metoden skal anvendes p?“O? forudsigelser af forskellige protein-strukturer, f.eks. fra de to familier cytokiner og chymotrypsiner. Resultaterne sammenlignes med de tilsvarende SOV-resultater for at unders?“N‘ge, om den nye metode giver mere anvendelig information.

Protein Sequence Prediction Evaluator is a free to try software. You can free download and try it for an evaluation period.
License: Shareware
Downloads: 0
Size: 10.2 KB

Platform: Mac OS X, Mac

System Requirements: Java 1.5 or later